Die Neufassung des Hochschulgesetzes 2003 sowie der Beginn der Reform des Lehramtsstudiums zogen die obligatorische Einrichtung von Zentren für Lehrerbildung an allen für das Lehramt ausbildenden Hochschulen nach sich (§ 92, HochSchulG).
Zielsetzung und Rechtsgrundlagen der Zentren für Lehrerbildung sind festgelegt durch das Hochschulgesetz, die Landesverordnung über die Zentren für Lehrerbildung sowie die Organisationsregelung des ZfL.
Die JGU Mainz richtete 2005 das ZfL ein, das als zentrale Einrichtung direkt dem Präsidium unterstellt ist. Der Aufbau der Geschäftsstelle begann im selben Jahr und die Position der Geschäftsführenden Beauftragten wurde mit Frau Christina Kölsch besetzt. Entsprechend dem gewachsenen Aufgabenbereich kamen später weitere Stellen hinzu. 2008 hat das Hochschulprüfungsamt für das Lehramt seine Arbeit aufgenommen, 2009 das Studienbüro Bildungswissenschaften. Beide Institutionen sind integraler Bestandteil der Geschäftsstelle des ZfL.