Die JGU Mainz richtete 2005 das ZfL ein, das als zentrale Einrichtung direkt dem Präsidenten unterstellt ist. Die Geschäftsstelle wurde im selben Jahr mit der Geschäftsführenden Beauftragten, Frau Christina Kölsch, sowie Frau Kerstin Feldmann (Sekretariat) besetzt. Entsprechend dem gewachsenen Aufgabenbereich kamen später weitere Stellen hinzu. 2008 hat das Hochschulprüfungsamt für das Lehramt seine Arbeit aufgenommen, 2009 das Studienbüro Bildungswissenschaften. Beide Institutionen sind organisatorisch an die Geschäftsstelle angegliedert.
Die Neufassung des Hochschulgesetzes 2003 sowie der Beginn der Reform des Lehramtsstudiums zogen die obligatorische Einrichtung von Zentren für Lehrerbildung an allen für das Lehramt ausbildenden Hochschulen nach sich (§ 92, HochSchulG).
Zielsetzung und Rechtsgrundlagen der Zentren für Lehrerbildung sind festgelegt durch das Hochschulgesetz, die Landesverordnung über die Zentren für Lehrerbildung sowie die Organisationsregelung des ZfL.